Początki dziejów wspólnot chrześcijańskich na ziemiach Izraela mają ścisły związek z życiem i nauczaniem Jezusa z Nazaretu. Po Jego śmierci i zmartwychwstaniu, wczesny Kościół Apostolski, a przynajmniej ten, który istniał w Jerozolimie oraz w jej otoczeniu, utrzymał charakter judeo-chrześcijański, aż do czasu odbudowy Jerozolimy (ok. 130 r. n.e.), jako rzymskiego miasta Aelia Capitolina przez cesarza Hadriana. Od tej daty, miejscowy Kościół stał się całkowicie pogański. Był także jedyny i niepodzielny, aż do powstania wczesnych Rad Ekumenicznych. W chwili podboju przez muzułmanów, kościół na Wschodzie przebył już dalsze podziały na inne odłamy, choć kościoły te nadal dzieliły się tymi samymi świętymi miejscami. Dopiero za królestwa krzyżowców oraz panowania (łacińskiego) Kościoła Zachodu, pojawiły się konflikty dotyczące miejsc świętych i trwały one, nie tracąc na sile, przez cały okres panowania Mameluków oraz Imperium Otomańskiego, aż do ogłoszenia w 1852 r. deklaracji Status Quo.

Według ostatnich dostępnych statystyk, z ponad 6.4 miliona ludzi mieszkających dziś w Izraelu, około 1.4 miliona to nie są Żydzi. Spośród nich, około 123 tys. to chrześcijanie. Dane te nie dotyczą Zachodniego Brzegu ani Strefy Gazy, na których to terenach nie przeprowadzano spisu ludności od 1967 r. W tamtym okresie czasu populację chrześcijańską szacowano tam na około 33 tys.osób. Należy odnotować, że w ostatnich latach spadła populacja chrześcijańska w Judei, Samarii i Gazie. Wspólnoty można podzielić na cztery podstawowe kategorie – prawosławną, nie-chalcedończyków (Monofizytów), katolików (łacińskich i unitów) oraz protestantów – składające się z mniej więcej 20 starodawnych i lokalnych kościołów oraz kolejne 30, czyli przede wszystkim protestanckie grupy wyznaniowe. Oprócz kościołów narodowych, jak na przykład ormiańskiego, wspólnoty wyznaniowe składają się w większości z mówiących po arabsku potomków bardzo wczesnych wspólnot chrześcijańskich okresu bizantyjskiego.

Kościoły prawosławne

Kościół Prawosławny (zwany także Kościołem Wschodnim bądź Grecko-Ortodoksyjnym) składa się z rodziny kościołów, z których wszystkie uznają prymat patriarchy Konstantynopola. Patrząc historycznie, kościół ten wykształcił się z kościołów wschodniorzymskich cesarstwa bizantyjskiego.

Patriarchat Grecko Prawosławny uważa się za Matkę Kościoła Jerozolimskiego, któremu godność biskupa patriarchy została przyznana w 451 r. przez sobór chalcedoński. Od 1054 r. przez Rzym uznawany za schizmę. Niemniej, w 1964 r. w Jerozolimie odbyło się historyczne spotkanie papieża Pawła VI z Ekumenicznym Patriarchą Konstantynopola, Athenagorasem.

Po 1099 r. i podboju przez krzyżowców, (prawosławny) patriarchat Jerozolimy, już na uchodźctwie, przeniesiony został do Konstantynopola. Aż do 1845 r. nie przywrócono stałej siedziby w Jerozolimie.

Od 1662 r., kierunek zainteresowań prawosławia w Ziemi Świętej pozostawał w ścisłym związku z Bractwem Grobu Świętego, które starało się chronić status kościoła prawosławnego w miejscach świętych i zachować grecki charakter patriarchatu.

W parafiach mówi się głównie po arabsku i służą w nich żonaci, arabskojęzyczni duchowni, jak również członkowie Bractwa Grobu Świętego. Liczebność wspólnoty to około 50,000 osób, głównie w Jerozolimie i Galilei, z podobną liczbą członków w Judei, Samarii, Gazie i krajach sąsiadujących, zaliczanych do patriarchatu.

W kraju są także przedstawicielstwa dwóch innych historycznych narodowych kościołów prawosławnych: rosyjskiego i rumuńskiego. Będąc we wspólnocie z greckim kościołem prawosławnym, podlegają miejscowej jurysdykcji greckiego patriarchatu prawosławnego.

Rosyjska Misja Prawosławna założona została w Jerozolimie w 1858 r., ale rosyjscy chrześcijanie zaczęli odwiedzać Ziemię Świętą już w XI wieku, w kilka lat po nawróceniu Kijowa. Podróże takie miały miejsce przez kolejne 900 lat, ostatecznie stając się w XIX stuleciu wielkimi dorocznymi pielgrzymkami, kontynuowano je do I Wojny Światowej, a tradycja uległa zakończeniu po wybuchu rewolucji rosyjskiej.

Od 1949 r., tytuł własności do mienia kościoła rosyjskiego na terenie utworzonego państwa Izrael, należał do Rosyjskiej Misji Prawosławnej (patriarchat Moskwy); tytuł własności do posiadłości na obszarach pozostających pod kontrolą jordańską, pozostaje przy Rosyjskiej Misji Eklezjastycznej, reprezentującej Rosyjski Kościół Prawosławny na Uchodźstwie. Każda z obu misji prowadzona jest przez archimandrytę, któremu asystują liczni zakonnicy i zakonnice.

Misję reprezentującą Rumuński Kościół Prawosławny założono w 1935 r. Prowadzona jest przez archimandrytę i składa się z niewielkiej wspólnoty mnichów i mniszek mieszkających w Jerozolimie.

W minionych wiekach, Gruziński Kościół Prawosławny przez wiele lat podtrzymywał swą obecność w Ziemi Świętej. Po uzyskaniu niepodległości przez Gruzję, liczni gruzińscy zakonnicy prawosławni przybyli do Jerozolimy, aby w niej zamieszkać pod egidą Greckiego Kościoła Prawosławnego.

Kościoły nie-chalcedońskie

Kościołami nie-chalcedońskimi są kościoły Wschodu – ormiański, koptyjski, etiopski oraz syryjski – które odrzuciły nauki soboru chalcedońskiego (451 r.) na temat dwoistej (boskiej i ludzkiej) natury Chrystusa. Kościoły nie-chalcedońskie akceptują doktrynę Monofizytów, a mianowicie wiarę, że Chrystus miał tylko jedną, naturę, a mianowicie boską.

Dzieje Ormiańskiego Kościoła Prawosławnego datują się od roku 301, czyli nawrócenia Armenii, pierwszego narodu, który przyjął chrześcijaństwo. Wspólnota religijna Armenii obecna była w Jerozolimie od V wieku. Ormiańskie źródła wiążą datę pierwszego Patriarchatu z przywilejem nadanym patriarsze Abrahamowi przez kalifa Omara w roku 638. W Jerozolimie ormiański patriarcha pojawił się w 1311 roku.

W wieku XIX oraz bezpośrednio po I wojnie światowej, liczebność miejscowej wspólnoty ormiańskiej wzrastała. Przed 1939 r. liczyła sobie ponad 15,000 osób i stanowiła trzecią z największych grup chrześcijańskich. Dziś, wspólnota liczy sobie mniej niż 2,500-3,000 wiernych, zamieszkujących w Ormiańskiej Dzielnicy w Jerozolimie, z pozostałymi mieszkającymi w Hajfie, Jaffie, Ramallahu, Betlejem (oraz Ammanie w Jordanii).

Koptyjski Kościół Prawosławny ma swe korzenie w Egipcie, gdzie w okresie pierwszych wieków przeważająca część ludności stała się chrześcijańska. Twierdzą oni, że do Jerozolimy przybyli ze świętą Heleną, matką cesarza Konstantyna. W swym wczesnym okresie kościół ten miał znaczny wpływ na rozwój pustynnego życia klasztornego w dziczy Judei. Wspólnota rozkwitła pod rządami Mameluków (1250-1517), a następnie za panowania Mohammeda Ali w 1830 r. Od XIII w. (Koptyjski) Patriarcha Aleksandrii reprezentowany był w Jerozolimie przez rezydującego arcybiskupa. Wspólnota liczy sobie około 1,500 członków, zamieszkałych głównie w Jerozolimie i Ramallahu.

Etiopski Kościół Prawosławny posiada swoją wspólnotę w Jerozolimie co najmniej od wieków średnich. Wcześni historycy chrześcijaństwa wspominają obecność Etiopczyków w Ziemi Świętej już w IV stuleciu. Z całą pewnością, w wiekach które później nastąpiły, Kościół Etiopski cieszył się w miejscach świętych znacznymi uprawnieniami, ale większość z nich utracił w okresie tureckim, przed ogłoszeniem deklaracji Status Quo.

Dziś Kościół Etiopski stanowi w Izraelu niewielką wspólnotę, zarządzaną przez arcybiskupa i składającą się głównie z kilku dziesiątków zakonników i zakonnic, zamieszkałych w Starym Mieście i wokół Kościoła Etiopskiego w Zachodniej Jerozolimie. Dzięki emigracji Etiopczyków do Izraela, w ostatnich 20 latach nastąpił pewien wzrost liczebności wspólnoty laickiej. Ponieważ nawiązano ponownie stosunki dyplomatyczne między Izraelem i Etiopią, zwiększyła się także liczba pielgrzymek.

Syryjski Kościół Prawosławny to następca starodawnego Kościoła Antiochii, a zarazem jedna z najstarszych wspólnot chrześcijańskich na Środkowym Wschodzie. Ich tradycją jest niezmienne stosowanie w liturgii i modłach języka syryjskiego (zachodnioaramejskiego). Znani są także jako Jakobici (od Jakuba Baradeusza), który w VI wieku kościół ten założył. Ich patriarcha rezyduje w Damaszku. Od 793 r., w Jerozolimie przebywali syryjscy biskupi prawosławni, a od 1471 r., mieli w tym mieście swą stałą siedzibę. W dzisiejszych czasach, miejscowy Kościół reprezentowany jest przez biskupa, przebywającego w Jerozolimie w VII-wiecznym klasztorze św. Marka. Wspólnota składa się jedynie z kilku rodzin, zamieszkałych głównie w Nazarecie, Hajfie, Jerychu, Ramallahu, Beit Sahour i Beit Jala.

Apostolski Kościół Wschodu (czasem błędnie zwany nestoriańskim), wywodzący się z pogranicza Turcji, Iranu i Iraku, liturgię i modły prowadzi w języku syryjskim (wschodnioaramejskim). Od 1917 r. patriarcha rezyduje w Chicago i Kerali (Indie). Obecność kościoła w Jerozolimie datuje się od V wieku. Dziś reprezentowany jest przez arcybiskupa